Il museo vuole proporsi come istituto culturale d'eccellenza per la ricerca, la comprensione e l'approfondimento dei fenomeni artistici, delle forme e dei linguaggi del secolo appena concluso. A tale riguardo l'Archivio del Novecento è preposto alla conservazione e consultazione di fondi archivistici e di grafica prodotti nel corso del secolo, della documentazione relativa alle collezioni del museo e alle relazioni delle Civiche Raccolte d'Arte con altre istituzioni cittadine nel corso del Novecento.
L'archivio, collocato nei locali del secondo piano di Palazzo Reale che si affacciano su via Rastrelli, ha a disposizione due zone: un'ampia sala di consultazione ed esposizione di materiale grafico e due ambienti destinati a deposito.
Sono consultabili alcuni materiali relativi alle collezioni del Novecento copiati dall'Archivio dei Musei artistico e archeologico municipali di Milano e altri fondi, tra cui: 

Archivio Bisi Fabbri

Fondo Marinetti - Piazzoni

Lettere di Marinetti

Collezione Cangiullo